En el cas de la mucosa digestiva, als sistemes de defensa propis, s’hi afegeix una relació simbiòtica, molt particular i interessant, amb milers de milions de microorganismes que tenen un paper principal, tant en el component digestiu com en el component de salut.

Els bacteris, els fongs i els protozous que viuen en el sistema digestiu dels animals participen en la transformació d’alguns nutrients de la ració en components assimilables per l’animal i, a més, estimulen el sistema immunològic associat a la mucosa intestinal o eviten, per un mecanisme conegut com a exclusió competitiva, que microorganismes patògens puguin colonitzar l’intestí com a pas previ a la producció de signes clínics digestius o generals.

Inicialment, l’estudi quantitatiu dels microorganismes es feia per recompte de viables, amb medis de cultiu diferencials, o per recompte de partícules en el microscopi, després de la tinció específica amb anticossos marcats amb substàncies fluorescents. Amb aquests mètodes solament es podia analitzar una mínima quantitat d’espècies microbianes (20-40 espècies sobre centenars d’espècies diferents presents en la digesta), en molts casos per dificultats en els sistemes de cultiu i en la majoria per la impossibilitat del cultiu in vitro. Com a mitjana, el 75% de les espècies microbianes presents en el sistema digestiu dels animals no pot cultivar-se en sistemes in vitro. Aquesta dificultat ha fet que el nostre grup mirés de buscar altres mètodes que, sense la necessitat d’utilitzar cultius in vitro, poguessin analitzar els canvis en la composició de la microbiota intestinal.

El mètode que hem posat a punt, contrastat amb estudis reals amb animals de granja, ha estat el conegut com a RFLP, de l’anglès Restriction Fragment Length Polymorphism, o Polimorfisme en la Longitud dels Fragments de Restricció. El mètode es fonamenta en l’estudi de les diferències en els perfils electroforètics d’un gen universal, amplificat per PCR i tallat amb enzims específics. El mètode és totalment independent de cultius, i amb ell es pot quantificar el grau de relació entre les mostres de diferents tractaments. A més, tal com hem pogut comprovar en diferents ocasions, alguns perfils estan clarament relacionats amb malalties específiques. Aquest mètode l’estem fent servir en diferents projectes de sanitat i de nutrició, nacionals i europeus, amb porcs, aus o conills, i amb la possibilitat d’ús amb mostres d’altres espècies productives.